O Kεντρικός Σταθμός του Τόκυο άνοιξε το 1914. Η κατασκευή του ξεκίνησε το 1912. Αρχιτέκτονας του ήταν ο Kingo Tatsunο ο οποίος θεωρείται ο πρώτος μοντέρνος αρχιτέκτονας της Ιαπωνίας (έργο του είναι και το κτήριο της Τράπεζας της Ιαπωνίας). Πρόθεσή του ήταν να σχεδιάσει ένα σταθμό στο αρχιτεκτονικό στυλ παλατιού της περιόδου Momoyama (1573-1603) λόγω του ότι ο σταθμός ήταν απέναντι από το Αυτοκρατορικό Παλάτι. Όταν όμως έδειξε τα σχέδια στον Αυτοκράτορα Μeiji, αυτός είπε ότι οι σταθμοί και τα παρεμφερή κτήρια «δείχνουν» καλύτερα όταν είναι χτισμένα με τεχνοτροπία ξένη. Έτσι ο Kingo, επέστρεψε με ένα σχέδιο εμπνευσμένο από τον Σιδηροδρομικό Σταθμό του Άμστερνταμ.
Για την κατασκευή του χρησιμοποιήθηκαν 8.9 εκατομμ. κόκκινα τούβλα. Στο σταθμό χτίστηκε και ένα ξενοδοχείο 90 δωματίων, το Ξενοδοχείο του Σταθμού του Τόκυο, το οποίο ξεκίνησε τη λειτουργία του το 1915.
Το 1923, στο μεγάλο σεισμό του Kanto ο σταθμός έπαθε ζημιές αλλά η μεγάλη καταστροφή ήρθε με τους βομβαρδισμούς του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου.
Σήμερα ο σταθμός έχει ακόμα μία είσοδο, την Yaesu-guchi που βλέπει προς την περιοχή Nihonbashi και άνοιξε τη δεκαετία του 1950. Μέχρι τότε υπήρχε μόνο η είσοδος από το Marunouchi. H περιοχή Νihonbashi σήμερα είναι και αυτή επιχειρηματικό κέντρο, με μεγάλη όμως ιστορία. Νihonbashi ήταν το όνομα της γέφυρας από όπου ξεκινούσαν δρόμοι που οδηγούσαν σε άλλες περιφέρειες της Ιαπωνίας. Ακόμα και σήμερα, η επίσημη απόσταση του Τόκυο από άλλες περιοχές της Ιαπωνίας, μετριέται από το Nihonbashi.
Στην πλευρά του Μarunouchi, o σταθμός έχει μια ειδική είσοδο που χρησιμοποιείται σπάνια, για την Αυτοκρατορική οικογένεια και άλλους επισήμους.
Το ξενοδοχείο του σταθμού (Τokyo Station Hotel) έκλεισε στις 31 Μαρτίου του 2006 για εργασίες αποκατάστασης του κτηρίου και έχει προγραμματιστεί ν' ανοίξει ξανά το 2011.
